明治44年2月11日,明治天皇召见当时的内阁总理大臣桂太郎,以“建造能让因不能接受医疗而感到困扰的人们,得到良好的医疗,让他们感受到东山再起的喜悦的设施”为宗旨的《济生敕语》及其基础。赐给我御手本金150万日元。
医科学研究所的附属医院历史悠久,明治25年(1892年)北里柴三郎博士作为首任所长设立了传染病研究所,1年2个月后的明治27年2月,传染病研究所的附属病房就已经设立了。已经有近130年的历史了。成立初期的主要业务是传染病的原因检查、预防治疗方法的研究、血清麻子苗的制造。昭和42年(1967年)随着医学研究所的改组成为现在的名称。
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